梁清標生而穎異，讀書目數行俱下，搦管成文，飆發泉涌。年十四，補諸生。明崇禎十五年，領鄉薦，十六年，成進士，授翰林院庶吉士。福王時，因曾降附李自成，定入「從賊」案。

清順治元年降清，補原官，尋授編修，累遷禮部侍郎。畿輔歲饑，皇上分遣重臣往賑，梁清標巡歷保定所屬各州縣，還奏稱旨，調吏部侍郎。后因母喪歸。

順治十三年，補授兵部尚書。時蒙古諸部長來朝，皇上目視梁清標謂之曰：此朕新用兵部尚書也。知遇之隆如此。江南提督馬逢知素來桀驁不法，皇上命其進京陛見。馬逢知按舊例赴兵部行跪拜禮，乃托梁清標求免，遭梁清標當面叱責。皇上聞之，謂侍臣曰：梁尚書不愧大臣距度。

清康熙三年，輔臣以選人壅滯，議停科目，梁清標力爭不可，卒得不罷，人謂其能持大體云。五年，改禮部，京察，罷職。八年，輔政大臣鰲拜獲罪，詔梁清標復官，以刑部尚書起用，改戶部，充經筵講官。十九年，因星變陳言，奏免秦中運糧入川。二十一年，復旱，上問弭災之方，梁清標以省刑對。尋兼兵部尚書事，拜保和殿大學士。是年，湖北巡撫張汧貪污事發，梁清標曾保舉為布政使，部議革職，降三級留任。

梁清標于康熙三十年卒，年七十二歲，祀鄉賢。

與河南睢州睢陽袁氏之袁賦誠、袁賦諶兄弟有交，故睢陽袁氏之藏品書畫珍品流入梁氏者為多。