生于順治五年七月二十六日，好讀書，常至通宵達旦，終至一眼失明。《莊子》一書為其最愛，因此其字取為“繼莊”。康熙五年（1666年），吳三桂弒南明桂王，時獻廷十九歲，雙親已逝，舉家南隱於吳江，并因不時濟貧以致傾家蕩產。此後南隱吳江，直到康熙十二年(1673年），三藩之亂爆發為止。三藩之亂定後，獻廷妻死，獻廷遂拋家別子過著浪跡天涯的生活。康熙二十六年（1687年），獻廷因萬斯同之薦，北上應徐乾學聘，入京參明史館事，增訂《明史·歷志》和《大清一統志·河南志》，“遍歷九州，覽其山川形勢”，并結識當時名聞遐邇的學者，如王源。

康熙二十九年（1690年）離京返吳。次年七、八月之際，溯江西行。冬天時，抵湖南衡州，在衡州司馬茹儀鳳(字紫廷)延之署中過年。翌年正月十八日，開始游南岳，此游得識王夫之，并且十分推崇他。康熙三十二年(1693年)四月，獻廷由昭陵(即湖南昭陵，在株洲南三十公里湘江東濱)。冬至日到湖南，于此寫下許多有關當地風土人情的文字，直至翌日四月始離此東歸。經過漢陽時受到漢陽令張壽民的款待，但張氏絕口不提復興事，獻廷暗自慨嘆。之後他又自漢陽東行，在江西停留甚久，始返家鄉。康熙三十四年(1695)春，獻廷重游西湖。是年七月六日，病歿，與妻張氏合葬於吳江墓山。

著作多佚，僅存《廣陽雜記》5卷。